猪嗜血支原体会改变红细胞的表面结构，使其变形，变形的红细胞影响血液流动性和对渗透压的抵抗力，经过脾脏时被清除，并发生溶血，致使猪只在急性感染阶段，可发生广泛的溶血性贫血。 在猪嗜血支原体与红细胞膜相互作用的过程中，红细胞膜受到不同程度的破坏，从而导致抗原暴露出来， 这些抗原被自身免疫系统视为异物，猪体产生自身抗体，从而使被感染猪的红细胞发生溶血现象。 此外，猪嗜血支原体感染时，红细胞大量崩解破坏，也可引起贫血、溶血，致使血液稀薄，还会引起严重的酸中毒、低血糖症等。 由于消耗性血凝固病理作用， 使血凝时间延长，血栓数量增加，引起机体出血。

猪嗜血支原体可通过降低辅助性 T 细胞的功能，导致B细胞数量和各种免疫球蛋白的产生量减少， 从而间接地抑制了机体的体液免疫应答。 在当前的养猪业生产中，一方面，大量嗜血支原体感染引起猪群的免疫抑制，增加了其他病原体（细菌、病毒、寄生原虫）感染的可能性。 另一方面，猪群流行的一些免疫抑制性疾病，如猪圆环病毒、猪蓝耳病病毒、伪狂犬病毒的感染，可成为猪发生嗜血支原体病的一个重要诱因。 两者之间在疾病发生上常互为因果关系，使感染猪的症状加剧，对养猪业的危害加重。

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